O acervo encontra-se disposto em oito salas de exposição, sendo quatro no 1º pavimento e quatro no 2º pavimento, onde também se encontra a Reserva Técnica Museológica.
1º pavimento
Sala “Imagens de Roca”
Nessa sala, figuram os objetos mais representativos do acervo: imagens processionais articuláveis, com cabeças de encaixe, denominadas “imagens de roca” ou “santos de vestir”. A principal característica dessas imagens é a possibilidade de serem vestidas e, assim, denominação “roca” faz menção à roca de tear, equipamento utilizado para a produção de tecidos. Esse tipo de imagem sacra adquiriu relevante importância no catolicismo, principalmente durante o período Barroco, e são utilizadas ainda hoje em algumas procissões serranas.
Sala da Igreja Nossa Senhora da Purificação
A sala apresenta fragmentos de retábulos que pertenceram à Igreja de Nossa Senhora da Purificação, os primeiros objetos a compor a coleção do Museu. Tal igreja foi construída por volta de 1742 e demolida por volta de 1926, em função de seu precário estado de preservação.
Sala dos Oratórios
Sala destinada à exposição de oratórios do século XIX, pertencentes à paróquia da cidade. São peças com pinturas no estilo Rococó que ressaltam cores vivas como o azul, pinturas de flores e detalhes em dourado. Na sala encontram-se também um confessionário, dois Anjos Tocheiros em madeira e mais alguns retábulos da igreja demolida Nossa Senhora da Purificação.
Sala dos Painéis
A sala dos painéis conta um pouco sobre a origem da cidade do Serro. O cômodo, localizado na parte inferior da imóvel, foi, provavelmente, o porão da casa de vivenda e supõe-se ter sido utilizado para guardar objetos de tropas e até mesmo alojá-las. O piso foi adaptado com tijolinhos e originalmente era de terra batida.
2º pavimento
Sala de Jantar
A sala de jantar apresenta, majoritariamente, exposição de mobiliário, composto por mesa, bancos, cabideiro. Há também um armário do tipo guarda-comida no qual se mantêm porcelanas e utensílios de origem inglesa e portuguesa, também datados dos séculos XVIII/XIX. Na sala há um espaço de referência aos tropeiros, com alguns objetos como: cabeçada e peitoral, utilizados por animais, além de um exemplar de trempe e caldeirões da cozinha de tropa.
Cozinha
Na cozinha contamos com um exemplar de fogão a lenha confeccionado em madeira e pedra sabão, típico da região. Também estão em exposição, no cômodo, gamelas, pilão, panelas de ferro e de pedra sabão, balança, candeeiro e ferrete. Os destaques da sala são a bancada e as formas de madeira, ambas utilizadas na produção de queijo artesanal da região do Serro.
Quarto de Viúva
O Quarto de Viúva recebe esse nome em menção ao tamanho da cama, mais estreita do que a cama de casal e mais larga do que a cama de solteiro, muito utilizada em casas de vivenda para designar o estado civil do seu morador. No quarto figuram pinturas, como o retrato do Teófilo Ottoni e o da sua esposa, Carlota Amália Ottoni, baús confeccionados em madeira, além de uma escrivaninha e pequenos objetos de uso cotidiano, do século XIX.
Sala da família Ottoni
Sala principal da casa ou sala de visitas, nesse cômodo estão expostos mobiliários de época, como: piano, relógio de parede, cadeiras, luminárias, aparadores e mesas, além de telas representando os integrantes da família Ottoni.
Quarto de Solteiro
O cômodo tem em exposição um oratório com a imagem de Nossa Senhora do Rosário, ambos do século XVIII e duas camas de solteiro. Figuram na parede dois quadros com as figuras dos irmãos Teophilo Ottoni e Christiano Ottoni.
Varanda
A varanda nos permite contemplar uma vista privilegiada da cidade, entendendo a lógica da sua formação, visto que a cidade do Serro teve início onde hoje está edificado o Museu Regional Casa dos Ottoni. É possível observar a forma como as igrejas e os casarões foram dispostos, conferindo à estrutura arquitetônica características de um anfiteatro.
Reserva Técnica Museológica
Os objetos que não se encontram sem exposição estão localizados em nossa Reserva Técnica Museológica. Cerca de 45% do acervo estão acondicionados em estantes, gavetas, prateleiras e mapotecas, devidamente inventariados e referenciados documentalmente.